Čištění odpadní vody probíhá samovolným (gravitačním) průtokem odpadní vody přes vrstvu anorganického substrátu - štěrku obaleného samovolně narostlým bakteriálním povelakem. V celém profilu kořenové čističky neustále probíhají oxidačně-redukční a biologické pochody, které mění nebezpečné složky do forem zcela neškodných pro životní prostředí. Kořenové čističky lze použí pro čištění vodu z domácnosti  i ji připojit jak na oddílnou, tak na jednotnou kanalizační síť obce.

Předčištění

U domácích kořenových čistíren probíhá předčištění v tříkomorovém septiku. pro prodloužení životnosti doporučujeme septiky speciálně upravené pro potřebu kořenových čistíren.

U obecních kořenovek se technologické zařízení v případě oddílné kanalizace prakticky omezuje jen na mechanický stupeň předčištění, tvořený česly, usazovacími nádržemi – sedimentačními nádržemi, případně usazováky písku a vlastní kořenové filtry. U jedné kanalizace je třeba navíc přidat oddělovací komory.Tato zařízení, která však musí obsahovat i klasická čistírna, jsou také jediná, která vyžadují pravidelnou údržbu (cca 1 hodinu týdně). V případě čištění vod s vysokým obsahem rozpuštěného železa (nad 5 mg/l), je nutné před nátokem do vlastní kořenové čističky zařadit aerační (provzdušňovací) stupeň a  řádově jednou za měsíc vybrat železitý kal. Kal je dále využitelný, např. v zemědělství.

Filtrační kořenové pole (lože)

Vlastní kořenová čistička má podobu mělkého rybníčku, který je vyložený svařenou fólií, či jiným nepropustným materiálem, vyplněný oblázky a štěrkem a osázený vodními rostlinami. Hladina vody se drží pod povrchem štěrku (asi 5 -10 cm), a proto se kořenová čistička nestává hnízdištěm komárů a nezapáchá. Odpadní voda natéká na jednom konci a gravitačním samospádem pomalu prochází celým objemem čističky. Vyčištěná voda zbavená odpadních látek opouští čističku buď do vsakovací drenáže, rybníčku, nebo do místního toku.

Rozměry

Pro přibližné určení rozměrů čističky můžeme počítat (velmi nepřesně, protože to závisí na mnoha faktorech), že 5-10 cm² mokřadního pole vyčistí 1 litr za den. Tzn. zhruba 5 m² na osobu.

Vegetace

Mokřadní vegetace plní v kořenové čističce celou řadu funkcí. Především funguje jako zateplovací pokryv v zimním období a její rychlý růst umožňuje intenzivní produkci organické hmoty v podobě odumřelých částí rostlin. Právě mocná vrstva organického substrátu hraje v procesu čištění nezastupitelnou roli. Kořenový systém a oddenky rostlin navíc poskytují podklad pro přisedlé mikroorganismy a přivádějí kyslík do kořenové zóny, která je jinak ve většině profilu anaerobní (tj. bez obsahu rozpuštěného kyslíku). Z hlediska mokřadní vegetace se nejčastěji používá rákos obecný a chrastice rákosovitá, především pro jejich schopnost tolerovat značnou míru znečištění a rychle tvořit mocnou vrstvu organického substrátu. Lze využít i jiné mokřadní rostliny, které mají navíc i dekorativní charakter, např. orobince, nebo různé druhy kosatců.